失误之处

《明史》有《哈烈》、《黑娄》二传，事实上都是指阿富汗西部重镇赫拉特，这个失误是受了哈烈、黑娄在《明实录》中并存的影响，又将统治者沙哈鲁当作地名。

《明史》这本书对部分的皇帝都进行了粉饰，比如世宗朱厚熜在位中后期，迷信方士、尊崇道教、好长生不老之术、宠信奸臣严嵩，边事废弛、倭患加重、海禁厉行，《明史》却评价世宗为中材之主，对以上的事情很少提起；光宗朱常洛仅在位一个月左右，被评价为潜德久彰，海内属望，这确实夸大了光宗；

《明史》卷二六五《施邦曜传》记海盗刘香的下场为就擒，卷260《熊文灿传》又记其势蹙，自焚溺死。曹甫之被杀，《洪钟传》记其为廖麻子所杀，《林俊传》则记其为指挥李荫所擒杀。《食货志》说正德时有皇庄三百余处，今查《明经世文编》夏言的奏疏，很明显是三十余处之误。《明史·谢肇淛传》中讲谢肇淛是万历三十年的进士，事实是万历二十年，万历三十年并没有科举考试。《卓敬传》记姚广孝与卓敬有隙，广孝进言劝成祖杀之，无其事。

《明史》称郑成功将鲁王朱以海沉入海中杀死，事实上郑成功去世乃先于鲁王朱以海。鲁王朱以海死后，其世子朱弘桓渡台湾，得到郑经的庇护，直至明郑覆亡。

近代学者论《明史》之编修过程，往往对王鸿绪持有剽窃之成见，侯仁之则认为两百年来王氏所蒙诬妄，从此可以释然矣。曾参与《明史》编修的汪由敦则说：王本列传，聚数十辈之精华，费数十年之心力，后来何能追躅万一，若存诋诽之见，非愚则妄。，杨椿认为王鸿绪史稿乃攘窃徐元文之作，史实舛漏百出，盖是非毁誉尚不足凭，不特纪志表传自为异同已也。

《明史》出现过一些小错误，比如明穆宗的名字，据何乔远《名山藏》记载，穆宗名叫载坖，而朱载垕在当时另有其人，为齐东王；《明史》记载明宪宗的即位年龄也是错误的，《明宪宗实录》记载：圣慈仁寿太皇太皇太后于丁卯十一月二日生），即位时已经19岁了，而非16岁；伪宋政权的徽王，《明史》作汪直，而实录等史书更多记作王直；张献忠传称张献忠将卒以杀人多少叙功次，共杀男女六万万有奇。然而有明一朝巅峰人口也不足2万万，,中国人口第一次达到4万万是在清末，6万万是在新中国建国后；倪元璐传在结尾称本朝谥文正，而据清朝世祖实录记载，倪元璐在清朝应谥文贞等。